UNPKG

ideogram

Version:

Chromosome visualization for the web

426 lines (425 loc) 16.9 kB
#chromosome arm band iscn_start iscn_stop bp_start bp_stop stain density 1 p ter 0 1 0 1 gneg 1 q A1 1 18 2 8824052 gpos 100 1 q A2 18 25 8824053 12255628 gneg 1 q A3 25 41 12255629 20099231 gpos 33 1 q A4 41 45 20099232 22060132 gneg 1 q A5 45 63 22060133 30884184 gpos 100 1 q B 63 88 30884185 43139813 gneg 1 q C1.1 88 111 43139814 54414992 gpos 66 1 q C1.2 111 114 54414993 55885667 gneg 1 q C1.3 114 121 55885668 59317243 gpos 75 1 q C2 121 133 59317244 65199945 gneg 1 q C3 133 152 65199946 74514223 gpos 33 1 q C4 152 163 74514224 79906700 gneg 1 q C5 163 178 79906701 87260077 gpos 33 1 q D 178 203 87260078 99515706 gneg 1 q E1.1 203 209 99515707 102457057 gpos 33 1 q E1.2 209 211 102457058 103437507 gneg 1 q E2.1 211 229 103437508 112261560 gpos 100 1 q E2.2 229 232 112261561 113732236 gneg 1 q E2.3 232 256 113732237 125497639 gpos 100 1 q E3 256 262 125497640 128438990 gneg 1 q E4 262 284 128438991 139223944 gpos 66 1 q F 284 300 139223945 147067546 gneg 1 q G1 300 309 147067547 151479573 gpos 100 1 q G2 309 311 151479574 152460023 gneg 1 q G3 311 320 152460024 156872049 gpos 100 1 q H1 320 326 156872050 159813400 gneg 1 q H2.1 326 334 159813401 163735202 gpos 33 1 q H2.2 334 337 163735203 165205877 gneg 1 q H2.3 337 346 165205878 169617903 gpos 33 1 q H3 346 358 169617904 175500605 gneg 1 q H4 358 370 175500606 181383307 gpos 33 1 q H5 370 383 181383308 187756234 gneg 1 q H6 383 398 187756235 195109612 gpos 33 2 p ter 0 1 0 1 gneg 2 q A1 1 30 2 14053941 gpos 100 2 q A2 30 35 14053942 16396265 gneg 2 q A3 35 62 16396266 29044812 gpos 33 2 q B 62 103 29044813 48251866 gneg 2 q C1.1 103 129 48251867 60431949 gpos 100 2 q C1.2 129 130 60431950 60900414 gneg 2 q C1.3 130 146 60900415 68395849 gpos 100 2 q C2 146 153 68395850 71675102 gneg 2 q C3 153 173 71675103 81044397 gpos 66 2 q D 173 189 81044398 88539832 gneg 2 q E1 189 216 88539833 101188380 gpos 100 2 q E2 216 224 101188381 104936098 gneg 2 q E3 224 241 104936099 112899998 gpos 33 2 q E4 241 247 112899999 115710786 gneg 2 q E5 247 264 115710787 123674687 gpos 66 2 q F1 264 281 123674688 131638587 gneg 2 q F2 281 287 131638588 134449375 gpos 33 2 q F3 287 301 134449376 141007881 gneg 2 q G1 301 313 141007882 146629458 gpos 100 2 q G2 313 315 146629459 147566388 gneg 2 q G3 315 325 147566389 152251035 gpos 100 2 q H1 325 339 152251036 158809541 gneg 2 q H2 339 348 158809542 163025724 gpos 33 2 q H3 348 370 163025725 173331947 gneg 2 q H4 370 388 173331948 181764313 gpos 33 3 p ter 0 1 0 1 gneg 3 q A1 1 38 2 18414437 gpos 100 3 q A2 38 42 18414438 20352799 gneg 3 q A3 42 73 20352800 35375104 gpos 66 3 q B 73 96 35375105 46520685 gneg 3 q C 96 116 46520686 56212494 gpos 100 3 q D 116 125 56212495 60573809 gneg 3 q E1 125 143 60573810 69296437 gpos 33 3 q E2 143 149 69296438 72203980 gneg 3 q E3 149 172 72203981 83349561 gpos 100 3 q F1 172 191 83349562 92556780 gneg 3 q F2.1 191 200 92556781 96918094 gpos 33 3 q F2.2 200 218 96918095 105640723 gneg 3 q F2.3 218 222 105640724 107579084 gpos 33 3 q F3 222 236 107579085 114363351 gneg 3 q G1 236 260 114363352 125993522 gpos 100 3 q G2 260 264 125993523 127931884 gneg 3 q G3 264 284 127931885 137623694 gpos 66 3 q H1 284 295 137623695 142954189 gneg 3 q H2 295 304 142954190 147315503 gpos 33 3 q H3 304 316 147315504 153130589 gneg 3 q H4 316 328 153130590 158945675 gpos 33 4 p ter 0 1 0 1 gneg 4 q A1 1 31 2 14708669 gpos 100 4 q A2 31 37 14708670 17555508 gneg 4 q A3 37 59 17555509 27993918 gpos 100 4 q A4 59 63 27993919 29891811 gneg 4 q A5 63 91 29891812 43177061 gpos 66 4 q B1 91 108 43177062 51243105 gneg 4 q B2 108 115 51243106 54564418 gpos 33 4 q B3 115 132 54564419 62630462 gneg 4 q C1 132 145 62630463 68798614 gpos 33 4 q C2 145 150 68798615 71170980 gneg 4 q C3 150 175 71170981 83032810 gpos 100 4 q C4 175 187 83032811 88726488 gneg 4 q C5 187 203 88726489 96318060 gpos 66 4 q C6 203 220 96318061 104384104 gneg 4 q C7 220 231 104384105 109603309 gpos 66 4 q D1 231 245 109603310 116245934 gneg 4 q D2.1 245 251 116245935 119092773 gpos 33 4 q D2.2 251 273 119092774 129531184 gneg 4 q D2.3 273 279 129531185 132378023 gpos 33 4 q D3 279 295 132378024 139969594 gneg 4 q E1 295 308 139969595 146137746 gpos 100 4 q E2 308 326 146137747 154678264 gneg 5 p ter 0 1 0 1 gneg 5 q A1 1 31 2 14748527 gpos 100 5 q A2 31 34 14748528 16175804 gneg 5 q A3 34 53 16175805 25215224 gpos 66 5 q B1 53 70 25215225 33303127 gneg 5 q B2 70 74 33303128 35206162 gpos 33 5 q B3 74 105 35206163 49954690 gneg 5 q C1 105 122 49954691 58042592 gpos 33 5 q C2 122 127 58042593 60421387 gneg 5 q C3.1 127 149 60421388 70888084 gpos 100 5 q C3.2 149 153 70888085 72791120 gneg 5 q C3.3 153 162 72791121 77072951 gpos 66 5 q D 162 170 77072952 80879023 gneg 5 q E1 170 190 80879024 90394202 gpos 100 5 q E2 190 195 90394203 92772996 gneg 5 q E3 195 207 92772997 98482104 gpos 33 5 q E4 207 212 98482105 100860899 gneg 5 q E5 212 224 100860900 106570006 gpos 33 5 q F 224 260 106570007 123697329 gneg 5 q G1.1 260 264 123697330 125600365 gpos 33 5 q G1.2 264 266 125600366 126551883 gneg 5 q G1.3 266 272 126551884 129406436 gpos 33 5 q G2 272 304 129406437 144630723 gneg 5 q G3 304 316 144630724 150339831 gpos 33 6 p ter 0 1 0 1 gneg 6 q A1 1 34 2 16693979 gpos 100 6 q A2 34 44 16693980 21603973 gneg 6 q A3.1 44 56 21603974 27495966 gpos 100 6 q A3.2 56 58 27495967 28477964 gneg 6 q A3.3 58 70 28477965 34369957 gpos 100 6 q B1 70 85 34369958 41734948 gneg 6 q B2.1 85 91 41734949 44680944 gpos 66 6 q B2.2 91 94 44680945 46153943 gneg 6 q B2.3 94 104 46153944 51063937 gpos 66 6 q B3 104 128 51063938 62847922 gneg 6 q C1 128 152 62847923 74631908 gpos 100 6 q C2 152 157 74631909 77086905 gneg 6 q C3 157 176 77086906 86415893 gpos 66 6 q D1 176 193 86415894 94762883 gneg 6 q D2 193 196 94762884 96235881 gpos 33 6 q D3 196 211 96235882 103600872 gneg 6 q E1 211 222 103600873 109001865 gpos 100 6 q E2 222 224 109001866 109983864 gneg 6 q E3 224 239 109983865 117348855 gpos 100 6 q F1 239 251 117348856 123240848 gneg 6 q F2 251 256 123240849 125695845 gpos 33 6 q F3 256 270 125695846 132569836 gneg 6 q G1 270 285 132569837 139934827 gpos 66 6 q G2 285 292 139934828 143371823 gneg 6 q G3 292 306 143371824 150245815 gpos 33 7 p ter 0 1 0 1 gneg 7 q A1 1 30 2 14606950 gpos 100 7 q A2 30 36 14606951 17528340 gneg 7 q A3 36 56 17528341 27266307 gpos 33 7 q B1 56 68 27266308 33109087 gneg 7 q B2 68 74 33109088 36030478 gpos 33 7 q B3 74 94 36030479 45768445 gneg 7 q B4 94 107 45768446 52098123 gpos 33 7 q B5 107 120 52098124 58427802 gneg 7 q C 120 141 58427803 68652667 gpos 100 7 q D1 141 152 68652668 74008549 gneg 7 q D2 152 159 74008550 77416837 gpos 66 7 q D3 159 178 77416838 86667906 gneg 7 q E1 178 197 86667907 95918975 gpos 100 7 q E2 197 202 95918976 98353467 gneg 7 q E3 202 220 98353468 107117637 gpos 33 7 q F1 220 234 107117638 113934214 gneg 7 q F2 234 243 113934215 118316299 gpos 33 7 q F3 243 271 118316300 131949453 gneg 7 q F4 271 278 131949454 135357741 gpos 33 7 q F5 278 287 135357742 139739827 gneg 8 p ter 0 1 0 1 gneg 8 q A1.1 1 34 2 15751809 gpos 100 8 q A1.2 34 36 15751810 16678386 gneg 8 q A1.3 36 43 16678387 19921406 gpos 33 8 q A2 43 63 19921407 29187176 gneg 8 q A3 63 72 29187177 33356773 gpos 33 8 q A4 72 94 33356774 43549121 gneg 8 q B1.1 94 103 43549122 47718717 gpos 66 8 q B1.2 103 107 47718718 49571871 gneg 8 q B1.3 107 119 49571872 55131334 gpos 66 8 q B2 119 127 55131335 58837642 gneg 8 q B3.1 127 143 58837643 66250258 gpos 100 8 q B3.2 143 145 66250259 67176835 gneg 8 q B3.3 145 159 67176836 73662874 gpos 100 8 q C1 159 171 73662875 79222337 gneg 8 q C2 171 181 79222338 83855222 gpos 33 8 q C3 181 192 83855223 88951396 gneg 8 q C4 192 195 88951397 90341261 gpos 33 8 q C5 195 204 90341262 94510858 gneg 8 q D1 204 220 94510859 101923474 gpos 100 8 q D2 220 222 101923475 102850051 gneg 8 q D3 222 236 102850052 109336091 gpos 33 8 q E1 236 264 109336092 122308169 gneg 8 q E2 264 276 122308170 127867632 gpos 33 9 p ter 0 1 0 1 gneg 9 q A1 1 31 2 14358981 gpos 100 9 q A2 31 42 14358982 19454103 gneg 9 q A3 42 52 19454104 24086033 gpos 33 9 q A4 52 82 24086034 37981821 gneg 9 q A5.1 82 95 37981822 44003329 gpos 66 9 q A5.2 95 100 44003330 46319294 gneg 9 q A5.3 100 118 46319295 54656767 gpos 66 9 q B 118 136 54656768 62994240 gneg 9 q C 136 150 62994241 69478941 gpos 33 9 q D 150 167 69478942 77353221 gneg 9 q E1 167 178 77353222 82448344 gpos 33 9 q E2 178 182 82448345 84301115 gneg 9 q E3.1 182 196 84301116 90785817 gpos 100 9 q E3.2 196 197 90785818 91249009 gneg 9 q E3.3 197 217 91249010 100512868 gpos 100 9 q E4 217 219 100512869 101439254 gpos 66 9 q F1 219 233 101439255 107923955 gneg 9 q F2 233 239 107923956 110703113 gpos 33 9 q F3 239 258 110703114 119503779 gneg 9 q F4 258 268 119503780 124135709 gpos 33 10 p ter 0 1 0 1 gneg 10 q A1 1 26 2 12783341 gpos 100 10 q A2 26 36 12783342 17700010 gneg 10 q A3 36 48 17700011 23600014 gpos 33 10 q A4 48 68 23600015 33433353 gneg 10 q B1 68 84 33433354 41300024 gpos 100 10 q B2 84 98 41300025 48183362 gneg 10 q B3 98 114 48183363 56050033 gpos 100 10 q B4 114 130 56050034 63916705 gneg 10 q B5.1 130 138 63916706 67850040 gpos 100 10 q B5.2 138 139 67850041 68341707 gneg 10 q B5.3 139 152 68341708 74733378 gpos 100 10 q C1 152 181 74733379 88991720 gneg 10 q C2 181 195 88991721 95875057 gpos 33 10 q C3 195 201 95875058 98825059 gneg 10 q D1 201 227 98825060 111608400 gpos 100 10 q D2 227 253 111608401 124391741 gneg 10 q D3 253 265 124391742 130291745 gpos 33 11 p ter 0 1 0 1 gneg 11 q A1 1 28 2 13017182 gpos 100 11 q A2 28 37 13017183 17201276 gneg 11 q A3.1 37 47 17201277 21850270 gpos 100 11 q A3.2 47 55 21850271 25569465 gneg 11 q A3.3 55 65 25569466 30218459 gpos 100 11 q A4 65 78 30218460 36262151 gneg 11 q A5 78 93 36262152 43235641 gpos 100 11 q B1.1 93 103 43235642 47884635 gneg 11 q B1.2 103 107 47884636 49744233 gpos 33 11 q B1.3 107 129 49744234 59972019 gneg 11 q B2 129 135 59972020 62761415 gpos 33 11 q B3 135 152 62761416 70664704 gneg 11 q B4 152 159 70664705 73919000 gpos 33 11 q B5 159 176 73919001 81822289 gneg 11 q C 176 194 81822290 90190478 gpos 100 11 q D 194 220 90190479 102277862 gneg 11 q E1 220 237 102277863 110181151 gpos 66 11 q E2 237 262 110181152 121803636 gneg 12 p ter 0 1 0 1 gneg 12 q A1.1 1 40 2 16965319 gpos 100 12 q A1.2 40 48 16965320 20358382 gneg 12 q A1.3 48 59 20358383 25023845 gpos 66 12 q A2 59 72 25023846 30537574 gneg 12 q A3 72 89 30537575 37747835 gpos 33 12 q B1 89 100 37747836 42413297 gneg 12 q B2 100 102 42413298 43261563 gpos 33 12 q B3 102 118 43261564 50047691 gneg 12 q C1 118 150 50047692 63619946 gpos 100 12 q C2 150 162 63619947 68709542 gneg 12 q C3 162 184 68709543 78040467 gpos 100 12 q D1 184 194 78040468 82281797 gneg 12 q D2 194 201 82281798 85250728 gpos 33 12 q D3 201 217 85250729 92036856 gneg 12 q E 217 241 92036857 102216047 gpos 100 12 q F1 241 260 102216048 110274574 gneg 12 q F2 260 273 110274575 115788303 gpos 66 13 p ter 0 1 0 1 gneg 13 q A1 1 33 2 15510967 gpos 100 13 q A2 33 43 15510968 20211260 gneg 13 q A3.1 43 60 20211261 28201758 gpos 66 13 q A3.2 60 67 28201759 31491964 gneg 13 q A3.3 67 84 31491965 39482462 gpos 33 13 q A4 84 90 39482463 42302638 gneg 13 q A5 90 107 42302639 50293136 gpos 33 13 q B1 107 120 50293137 56403517 gneg 13 q B2 120 125 56403518 58753664 gpos 33 13 q B3 125 141 58753665 66274133 gneg 13 q C1 141 159 66274134 74734661 gpos 33 13 q C2 159 164 74734662 77084807 gneg 13 q C3 164 192 77084808 90245628 gpos 100 13 q D1 192 216 90245629 101526332 gneg 13 q D2.1 216 224 101526333 105286566 gpos 33 13 q D2.2 224 236 105286567 110926918 gneg 13 q D2.3 236 244 110926919 114687153 gpos 33 14 p ter 0 1 0 1 gneg 14 q A1 1 30 2 14267479 gpos 100 14 q A2 30 39 14267480 18547722 gneg 14 q A3 39 60 18547723 28534958 gpos 33 14 q B 60 87 28534959 41375689 gneg 14 q C1 87 104 41375690 49460594 gpos 100 14 q C2 104 110 49460595 52314090 gneg 14 q C3 110 120 52314091 57069916 gpos 66 14 q D1 120 138 57069917 65630404 gneg 14 q D2 138 146 65630405 69435065 gpos 33 14 q D3 146 170 69435066 80849048 gneg 14 q E1 170 178 80849049 84653709 gpos 66 14 q E2.1 178 198 84653710 94165362 gpos 100 14 q E2.2 198 200 94165363 95116528 gneg 14 q E2.3 200 215 95116529 102250267 gpos 100 14 q E3 215 222 102250268 105579346 gneg 14 q E4 222 242 105579347 115090998 gpos 100 14 q E5 242 250 115090999 118895660 gneg 15 p ter 0 1 0 1 gneg 15 q A1 1 36 2 16436204 gpos 100 15 q A2 36 53 16436205 24197745 gneg 15 q B1 53 65 24197746 29676480 gpos 33 15 q B2 65 70 29676481 31959286 gneg 15 q B3.1 70 94 31959287 42916756 gpos 100 15 q B3.2 94 98 42916757 44743001 gneg 15 q B3.3 98 109 44743002 49765175 gpos 66 15 q C 109 117 49765176 53417665 gneg 15 q D1 117 145 53417666 66201380 gpos 100 15 q D2 145 150 66201381 68484186 gneg 15 q D3 150 169 68484187 77158849 gpos 66 15 q E1 169 183 77158850 83550707 gneg 15 q E2 183 190 83550708 86746636 gpos 33 15 q E3 190 209 86746637 95421299 gneg 15 q F1 209 221 95421300 100900034 gpos 66 15 q F2 221 223 100900035 101813157 gneg 15 q F3 223 227 101813158 103639402 gpos 33 16 p ter 0 1 0 1 gneg 16 q A1 1 33 2 15307059 gpos 100 16 q A2 33 35 15307060 16234759 gneg 16 q A3 35 44 16234760 20409412 gpos 33 16 q B1 44 56 20409413 25975615 gneg 16 q B2 56 69 25975616 32005669 gpos 33 16 q B3 69 82 32005670 38035722 gneg 16 q B4 82 96 38035723 44529626 gpos 33 16 q B5 96 115 44529627 53342781 gneg 16 q C1.1 115 124 53342782 57517434 gpos 66 16 q C1.2 124 126 57517435 58445134 gneg 16 q C1.3 126 143 58445135 66330589 gpos 66 16 q C2 143 151 66330590 70041391 gneg 16 q C3.1 151 169 70041392 78390696 gpos 100 16 q C3.2 169 170 78390697 78854546 gneg 16 q C3.3 170 196 78854547 90914654 gpos 100 16 q C4 196 210 90914655 97408558 gneg 17 p ter 0 1 0 1 gneg 17 q A1 1 32 2 13631950 gpos 100 17 q A2 32 37 13631951 15761942 gneg 17 q A3.1 37 40 15761943 17039937 gpos 33 17 q A3.2 40 50 17039938 21299922 gneg 17 q A3.3 50 72 21299923 30671887 gpos 66 17 q B1 72 92 30671888 39191856 gneg 17 q B2 92 95 39191857 40469851 gpos 33 17 q B3 95 105 40469852 44729836 gneg 17 q C 105 128 44729837 54527800 gpos 66 17 q D 128 138 54527801 58787784 gneg 17 q E1.1 138 156 58787785 66455756 gpos 100 17 q E1.2 156 158 66455757 67307753 gneg 17 q E1.3 158 168 67307754 71567737 gpos 100 17 q E2 168 180 71567738 76679719 gneg 17 q E3 180 190 76679720 80939703 gpos 33 17 q E4 190 204 80939704 86903681 gneg 17 q E5 204 218 86903682 92867660 gpos 33 18 p ter 0 1 0 1 gneg 18 q A1 1 46 2 19321796 gpos 100 18 q A2 46 70 19321797 29402733 gneg 18 q B1 70 84 29402734 35283280 gpos 66 18 q B2 84 88 35283281 36963436 gneg 18 q B3 88 108 36963437 45364217 gpos 100 18 q C 108 118 45364218 49564608 gneg 18 q D1 118 128 49564609 53764998 gpos 100 18 q D2 128 129 53764999 54185037 gneg 18 q D3 129 144 54185038 60485623 gpos 100 18 q E1 144 161 60485624 67626287 gneg 18 q E2 161 178 67626288 74766951 gpos 33 18 q E3 178 198 74766952 83167732 gneg 18 q E4 198 215 83167733 90308396 gpos 33 19 p ter 0 1 0 1 gneg 19 q A 1 41 2 16461605 gpos 100 19 q B 41 63 16461606 25294662 gneg 19 q C1 63 86 25294663 34529222 gpos 66 19 q C2 86 94 34529223 37741242 gneg 19 q C3 94 117 37741243 46975802 gpos 66 19 q D1 117 127 46975803 50990828 gneg 19 q D2 127 145 50990829 58217874 gpos 33 19 q D3 145 151 58217875 60626890 gneg X p ter 0 1 0 1 gneg X q A1.1 1 32 2 15095237 gpos 100 X q A1.2 32 37 15095238 17453868 gneg X q A1.3 37 43 17453869 20284225 gpos 33 X q A2 43 57 20284226 26888391 gneg X q A3.1 57 68 26888392 32077379 gpos 66 X q A3.2 68 70 32077380 33020831 gneg X q A3.3 70 81 33020832 38209819 gpos 66 X q A4 81 97 38209820 45757438 gneg X q A5 97 114 45757439 53776783 gpos 66 X q A6 114 128 53776784 60380949 gneg X q A7.1 128 141 60380950 66513389 gpos 66 X q A7.2 141 144 66513390 67928568 gneg X q A7.3 144 157 67928569 74061008 gpos 66 X q B 157 167 74061009 78778269 gneg X q C1 167 185 78778270 87269340 gpos 100 X q C2 185 187 87269341 88212793 gneg X q C3 187 205 88212794 96703864 gpos 100 X q D 205 223 96703865 105194935 gneg X q E1 223 244 105194936 115101184 gpos 100 X q E2 244 246 115101185 116044637 gneg X q E3 246 274 116044638 129252969 gpos 100 X q F1 274 287 129252970 135385409 gneg X q F2 287 302 135385410 142461302 gpos 33 X q F3 302 317 142461303 149537194 gneg X q F4 317 332 149537195 156613087 gpos 33 X q F5 332 347 156613088 163688980 gneg Y p ter 0 1 0 1 gneg Y q A1 1 36 2 496737 gpos 100 Y q A2 36 57 496738 786500 gpos 66 Y q B 57 79 786501 1090061 gpos 33 Y q C1 79 95 1090062 1310833 gpos 100 Y q C2 95 108 1310834 1490211 gpos 33 Y q C3 108 126 1490212 1738579 gpos 100 Y q D 126 145 1738580 2000746 gpos 33 Y q E 145 160 2000747 2207720 gpos 66