ideogram
Version:
Chromosome visualization with D3.js
105 lines (104 loc) • 3.05 kB
JavaScript
// // import * as d3 from 'd3';
// // import {Layout} from './layout';
//
// export class SmallLayout extends Layout {
//
// constructor(config, ideo) {
// super(config, ideo);
//
// this._class = 'SmallLayout';
//
// this.margin = {
// left: 36.5,
// top: 10
// };
// }
//
// rotateForward(setNumber, chrNumber, chrElement, callback) {
// var ideoBox = d3.select(this._ideo.selector).node().getBoundingClientRect();
// var chrBox = chrElement.getBoundingClientRect();
//
// var scaleX = (ideoBox.width / chrBox.height) * 0.97;
// var scaleY = this._getYScale();
//
// transform = 'translate(5, 25) scale(' + scaleX + ', ' + scaleY + ')';
//
// d3.select(chrElement.parentNode)
// .transition()
// .attr('transform', transform)
// .on('end', callback);
// }
//
// rotateBack(setNumber, chrNumber, chrElement, callback) {
// var translate = this.getChromosomeSetTranslate(setNumber);
//
// d3.select(chrElement.parentNode)
// .transition()
// .attr('transform', translate)
// .on('end', callback);
// }
//
// getHeight() {
// var chrHeight = this._config.chrHeight;
// return this._config.rows * (chrHeight + this.margin.top * 1.5);
// }
//
// getWidth() {
// return '97%';
// }
//
// getChromosomeBandLabelTranslate() {
//
// }
//
// getChromosomeSetLabelTranslate() {
// return 'rotate(-90)';
// }
//
// getChromosomeSetTranslate(setNumber) {
// // Get organisms id list
// var organisms = [];
// this._ideo.getTaxids(function(taxIdList) {
// organisms = taxIdList;
// });
// // Get first organism chromosomes amount
// var size = this._ideo.config.chromosomes[organisms[0]].length;
// // Amount of chromosomes per number
// var rowSize = size / this._config.rows;
//
// var xOffset;
// var yOffset;
//
// if (setNumber > rowSize - 1) {
// xOffset = this.margin.left + this._config.chrHeight * 1.4;
// yOffset = this.getChromosomeSetYTranslate(setNumber - rowSize);
// } else {
// xOffset = this.margin.left;
// yOffset = this.getChromosomeSetYTranslate(setNumber);
// }
//
// return 'rotate(90) translate(' + xOffset + ', -' + yOffset + ')';
// }
//
// getChromosomeSetYTranslate(setNumber) {
// // Get additional padding caused by annotation tracks
// var additionalPadding = this._getAdditionalOffset();
// // If no detailed description provided just use one formula for all cases
// return (
// this.margin.left * (setNumber) + this._config.chrWidth +
// additionalPadding * 2 + additionalPadding * setNumber
// );
// }
//
// getChromosomeSetLabelXPosition(setNumber) {
// return (
// ((this._ploidy.getSetSize(setNumber) * this._config.chrWidth + 20) / -2) +
// (this._config.ploidy > 1 ? 0 : this._config.chrWidth)
// );
// }
//
// getChromosomeLabelXPosition() {
// return this._config.chrWidth / -2;
// }
//
// }