bioinformatics-mcp-server/dist/index.js

🧬 生物信息学MCP服务器 - 专为ModelScope设计的智能生物数据分析工具

#!/usr/bin/env node
import { Server } from '@modelcontextprotocol/sdk/server/index.js';
import { StdioServerTransport } from '@modelcontextprotocol/sdk/server/stdio.js';
import { CallToolRequestSchema, ListToolsRequestSchema, } from '@modelcontextprotocol/sdk/types.js';
import { handleAnalyzeTask } from './handlers/analyze-task.js';
import { handleDebugWorkflow } from './handlers/debug-workflow.js';
import { handleExecuteClaudeScript } from './handlers/execute-claude-script.js';
class BioinformaticsMCPServer {
    server;
    projectPath;
    constructor() {
        this.projectPath = process.env.PROJECT_PATH || './analysis';
        this.server = new Server({
            name: 'bioinformatics-workflow-server',
            version: '2.2.0',
        }, {
            capabilities: {
                tools: {},
            },
        });
        this.setupHandlers();
    }
    setupHandlers() {
        this.server.setRequestHandler(ListToolsRequestSchema, async () => {
            return {
                tools: [
                    {
                        name: 'analyze_bioinformatics_task',
                        description: '🧬 生物信息学分析任务规划器 - 分析用户意图并创建生物信息学工作流计划。支持单细胞RNA测序、基因表达、基因组学、蛋白质组学等多种数据类型。',
                        inputSchema: {
                            type: 'object',
                            properties: {
                                user_request: {
                                    type: 'string',
                                    description: '用户的生物信息学分析请求（中文描述）',
                                },
                                data_files: {
                                    type: 'array',
                                    items: {
                                        type: 'string',
                                    },
                                    description: '输入数据文件路径列表（例如：["/path/to/data.h5ad", "/path/to/expression.csv"]）',
                                },
                                additional_context: {
                                    type: 'string',
                                    description: '额外的上下文信息或特定要求',
                                },
                            },
                            required: ['user_request', 'data_files'],
                        },
                    },
                    {
                        name: 'debug_workflow',
                        description: '🔧 工作流调试工具 - 分析工作流执行结果并提供调试建议',
                        inputSchema: {
                            type: 'object',
                            properties: {
                                workflow_id: {
                                    type: 'string',
                                    description: '要调试的工作流ID',
                                },
                                error_context: {
                                    type: 'string',
                                    description: '关于错误或问题的额外上下文',
                                },
                            },
                            required: ['workflow_id'],
                        },
                    },
                    {
                        name: 'execute_claude_script',
                        description: '🚀 生物信息学脚本执行器 - 自动检测并执行Claude生成的Python脚本。功能包括：✅ 自动检测Python环境 ✅ 自动安装所需包（pandas, numpy, scanpy等） ✅ 完整的执行日志和错误处理 ✅ HTML报告生成和自动浏览器打开',
                        inputSchema: {
                            type: 'object',
                            properties: {
                                claude_response: {
                                    type: 'string',
                                    description: '包含Python脚本的Claude响应内容',
                                },
                                workflow_id: {
                                    type: 'string',
                                    description: '可选的工作流ID，用于关联此执行',
                                },
                                execution_context: {
                                    type: 'string',
                                    description: '脚本执行上下文说明',
                                },
                            },
                            required: ['claude_response'],
                        },
                    },
                ],
            };
        });
        this.server.setRequestHandler(CallToolRequestSchema, async (request) => {
            const { name, arguments: args } = request.params;
            try {
                console.error(`收到工具请求: ${name}`);
                console.error(`参数:`, JSON.stringify(args, null, 2));
                switch (name) {
                    case 'analyze_bioinformatics_task':
                        return await handleAnalyzeTask(args, this.projectPath);
                    case 'debug_workflow':
                        return await handleDebugWorkflow(args, this.projectPath);
                    case 'execute_claude_script':
                        return await handleExecuteClaudeScript(args, this.projectPath);
                    default:
                        throw new Error(`未知工具: ${name}`);
                }
            }
            catch (error) {
                const errorMessage = error instanceof Error ? error.message : '发生未知错误';
                const stackTrace = error instanceof Error ? error.stack : '无堆栈跟踪';
                console.error(`工具执行错误:`, error);
                console.error(`堆栈跟踪:`, stackTrace);
                return {
                    content: [
                        {
                            type: 'text',
                            text: `❌ 错误: ${errorMessage}`,
                        },
                    ],
                };
            }
        });
    }
    async run() {
        const transport = new StdioServerTransport();
        await this.server.connect(transport);
        console.error('🧬 生物信息学MCP服务器 v2.2.0 正在运行');
    }
}
// 启动服务器
const server = new BioinformaticsMCPServer();
server.run().catch((error) => {
    console.error('服务器启动失败:', error);
    process.exit(1);
});